في الأول من شهر رمضان من سنة 245 للهجرة، الموافق لـ30 نونبر859 ميلادية، وعلى عهد العاهل الإدريسي يحيى الأول، تطوعت فاطمة الفهرية المشهورة بلقب”أم البنين”، وهي ابنة مهاجر من عرب الحجاز يسمى محمد بن عبد الله الفهري، أقام في مدينة القيروان التونسية وكان تاجرا ثريا، وبعد وفاته قررت ابنته بناء جامع القرويين، حيث وهبت فاطمة الفهرية كل ما تملكه من أموال وأملاك، وما ورثته من عائلتها الميسورة لانجاز هذه المعلمة الدينية والتاريخية، والتي تحولت من مسجد صغير الى اكبر وأقدم جامعات العالم، والتي رأت النور قبل حوالي مائة عام من إنشاء جامع الأزهر في القاهرة.
بحسب المصادر التاريخية لموسوعة مدينة فاس، فان جامع القرويين والذي يعد واحد من أبرز المآثر التاريخية التي تفتخر بها المدينة، بعد ان أخذ الجامع اسمه من مؤسسته السيدة فاطمة التي يعود أصلها إلى القيروان بتونس، عرف منافسة قوية عبر العصور من قبل الحكام الدين تعاقبوا على السلطة بالحاضرة الادريسية، والذين تفننوا في ادخال لمسات هندسية وفنية على الجامع،
حيث وضع المرابطون وتوسيع بلغت مساحة الجامعة في بادئ الأمر 250 مترًا مربعًا، لتصل اليوم إلى نحو 5845 مترًا مربعًا، نتيجة عمليات التوسعة المتكررة التي شهدتها على مرّ العصور، منذ تأسيسها إلى الآن
بنيت جامعة القرويين عام 245 للهجرة، الموافق لعام 859 ميلادية -أي قبل حوالي مئة عام من إنشاء جامع الأزهر في القاهرة على يد فاطمة الفهرية، وهي ابنة مهاجر من عرب الحجاز يسمى محمد بن عبد الله الفهري، أقام في القيروان وكان تاجرا ثريا. وبعد وفاته قررت فاطمة الإنفاق على بناء الجامع وتوسعته، ليتحول من مسجد صغير إلى جامعة كبيرة في الغرب الإسلامي، فيما وصف الدكتور التازي القرويين في كتابه «جامع القرويين» بقلب المغرب النابض بالحياة، وهي كما قال التازي نفسه في أول موسوعته عن جامعة القرويين،رمز عزه، ومصدر فخر ومثال مجد.
هذا وتخرج فيها العديد علماء الغرب، وقد بقي الجامع والجامعة العلمية الملحقة به مركزا للنشاط الفكري والثقافي والديني قرابة الألف سنة. درس فيها سيلفستر الثاني (غربيرت دورياك)، الذي شغل منصب البابا من عام 999 إلى 1003م، ويقال أنه هو من أدخل بعد رجوعه إلى أوروبا الأعداد العربية. كما أن موسى بن ميمون الطبيب والفيلسوف اليهودي قضى فيها بضع سنوات قام خلالها بمزاولة التدريس في جامعة القرويين.
درّس فيها الفقيه المالكي أبو عمران الفاسي وابن البنا المراكشي وابن العربي وابن رشيد السبتي وابن الحاج الفاسي وابن ميمون الغماري، زارها الشريف الإدريسي ومكث فيها مدة كما زارها ابن زهر مرات عديدة ودون النحوي ابن آجروم كتابه المعروف في النحو فيها. ولقد اشتهر من فاس جماعة من أهل العلم ونسبوا إليها منهم أبو عمرو عمران بن موسى الفاسي فقيه أهل القيروان في وقته. وأبو العباس أحمد بن محمد بن عثمان الشهير بابن البناء وهو أشهر رياضي في عصره، وأبو بكر محمد بن يحيى بن الصائغ الشهير بابن باجة وكان ممن نبغوا في علوم كثيرة منها اللغة العربية والطب وكان قد هاجر من الأندلس وتوفي بفاس. ومن العلماء الذين أقاموا بفاس ودرسوا بجامعتها ابن خلدون المؤرخ ومؤسس علم الاجتماع، ولسان الدين بن الخطيب، وابن عربي الحكيم وابن مرزوق.